Lorsqu’on publie les résultats de recherche, la maîtrise des références bibliographiques correspondantes permet de dégager une bonne vue d’ensemble de ce qui est déjà connu dans le domaine considéré.

Avec l’essor des outils informatiques sont apparus des logiciels permettant non seulement de collecter et de gérer ces références, mais également d’automatiser leur citation dans les publications ultérieures.

Aujourd’hui, nous passerons en revue un outil dédié à ce genre de tâches, l’usine à gaz dans son domaine, EndNote.

Dans un prochain billet, je vous parlerai également de deux outsiders que j’utilise aussi régulièrement, Papers et Zotero.

Il faut savoir que dans le domaine scientifique, les références bibliographiques proviennent essentiellement de trois sources:

• Les publications parues dans des revues internationales et accessibles moyennant abonnement, généralement sous forme de pdf.
• Les brevets, eux aussi accessibles en pdf.
• Les livres, plus précisément appelés «monographies», qui constituent une étude complète et détaillée sur un sujet précis. Pour ce type d’information, c’est actuellement le papier qui prédomine, probablement plus pour longtemps.

Nous nous concentrerons sur le premier type de références, celles qui proviennent de revues internationales.

Enfin, pour clarifier ce qui suit, il est important de distinguer 3 éléments quand on parle de bibliographie:

1. L’article lui-même (en général, le document pdf ou la version papier) qui contient   l’information scientifique publiée.
2. La citation qui se trouve directement dans le texte de la publication, sous forme brève (p. ex. n° de référence, auteur-année) et qui renvoie à la référence se trouvant soit en bas de page, soit en fin de document.
3. La référence, qui contient les métadonnées permettant de retrouver l’article. Elle comporte généralement le nom de l’auteur, le nom du support (revue, livre,...), ainsi que la référence propre du support (année, volume, page,...).

Une confusion fréquente vient du fait qu’en anglais, la référence est souvent traduite par «citation».

J’ai donc testé la dernière version de EndNote (X2.0.1), édité par Thomson Reuters.

Nous passerons en revue les différentes fonctions de ce logiciel.

1. Son apparence
2. Les formats y associés
3. L’ajout et la gestion des articles
4. Le formatage de la citation et de la référence
5. L’introduction des citations et références «à la volée» dans les logiciels de traitement de texte, appelée «CWYW» en anglais, «Cite While You Write».

L’installation de EndNote se fait par simple glisser-déposer:

L’application prend 211 Mo d’espace disque. Après avoir installé un patch de mise à jour vers la version X2.0.1, on est prêt à démarrer.
Ah, j’allais oublier! Je vous parlais d’usine à gaz. Regardez un peu le nombre de dossiers accompagnant le logiciel lui-même. Nous verrons tout à l’heure l’utilité de certains d’entre eux.

Double-clic sur l’icone du programme, on sait tout de suite qu’il s’agit d’une version démo de 30 jours.

Je vais quand-même pousser ici un coup de gueule contre ce développeur: au travail, j’utilise EndNote sur PC, ce qui me donnerait le droit d’utiliser chez moi le logiciel sur PC. Mais pas sur Mac! Si je veux utiliser la version Mac, je dois payer la licence plein pot, c’est à dire 227 €! Et ce, malgré mes demandes insistantes tant chez leur représentant pour la Belgique que directement aux USA.  Non mais, je ne vais quand même pas me convertir au PC uniquement pour pouvoir utiliser gratuitement EndNote à la maison. Non, non et non!
En fait, la version de démonstration, une fois les 30 jours passés, ne permet plus d’introduire de nouvelles références dans la base de données. Les autres fonctionnalités, elles, restent  heureusement inchangées.
Une fois tout ceci terminé, on doit effectuer un dernier choix:

En toute logique, on va créer une nouvelle bibliothèque. Je l’appelle «Projet 1», elle sera stockée dans mon dossier «Documents»:

Je n’active pas la fonction «Save as package»: ceci me permettra de me rendre compte de ce que fait EndNote quand il crée une bibliothèque.
Si je vais en effet dans le dossier «Documents», je me rends compte en effet que 2 entités sont créées.

La base de données elle-même, c’est le fichier au format propriétaire .enl («EndNote Library»). C’est ce fichier qui contiendra les références.
Le dossier «Projet 1.data» servira à stocker les fichiers liés, comme par exemple les articles en pdf.
Au fait, si j’active l’option «Save as package», un seul document au format «.enlp» est généré. Si je le rebaptise en «.zip», je retrouve un dossier contenant les deux éléments précités, le fichier .enl et le dossier .Data .

Regardons de plus près l’interface de EndNote:

Maintenant, on peut tout fermer et nous allons chercher une publication sur le site de l’ACS, l’American Chemical Society, par exemple dans le «Journal of Organic Chemistry».
Les personnes allergiques à la chimie peuvent se rassurer, j’utilise ces publications ici simplement pour illustrer EndNote, pas pour vous faire faire de la chimie!
Nous ouvrons donc Firefox et allons sur le site de ce périodique. Nous allons nous intéresser par exemple au premier article du dernier numéro. Il apparaît comme ceci:

En premier lieu, je télécharge le pdf qui constitue donc le coeur de l’article. Ce pdf, je le stocke pour l’instant sur le bureau et je le renomme, ce qui me permettra de l’identifier facilement, même en-dehors de EndNote:
JOC_2009_74_2261
Ensuite, je vais cocher l’article et télécharger la citation.

Je choisis de prendre la référence qui contient l’abstract (si, si, «abstract» est bien la traduction française, je viens de vérifier dans le «Robert et Collins». A mon grand étonnement cependant, il ne se trouve pas dans le Robert 2007!)
Comme vous pouvez le constater, le format EndNote est supporté par notre périodique, j’active donc le téléchargement.
C’est alors que je reçois la nouvelle fenêtre de dialogue suivante:

Je pourrais choisir d’ouvrir le fichier «downloadCitation» avec EndNote, mais je vais d’abord l’enregistrer sur le bureau. Histoire de voir ce que contient l’animal.
En l’ouvrant avec TextEdit, on obtient ceci:

Il s’agit en fait d’un texte tabulé et qui va donner à EndNote toutes les informations nécessaires pour stocker la fiche correspondant à cet article.
Vous remarquerez par exemple que les auteurs sont listés à côté de «%A» ou que le nom du journal se trouve à côté de «%J».
Pour insérer cette référence dans ma bibliothèque «Projet 1», il me suffit donc de glisser-déposer le fichier «downloadCitation» sur l’icone EndNote. Après s’être ouvert, EndNote me demande de sélectionner la bibliothèque dans laquelle je souhaite stocker cette référence. Je vais donc chercher le fichier «Projet 1.enl» dont j’ai parlé plus haut.
Youpie, la première référence se trouve maintenant dans mon fichier «Projet 1»! Ne pas oublier d’y attacher le pdf mentionné plus haut via le menu References > Attach File...

Une fois le pdf sélectionné, il va être copié par EndNote dans son propre dossier, vous vous souvenez, celui qui s’appelle «Projet 1.data».
Dès ce moment, vous pouvez donc mettre à la corbeille le pdf stocké sur le bureau.
L’écran principal de EndNote apparaît donc comme ceci:

La présence du trombone à gauche signifie qu’un fichier est bien lié à notre référence. Pour ouvrir ce fichier, il suffit de sélectionner le bouton «Open file» qui est entouré sur la capture ci-dessus.
En répétant ces opérations vous allez donc construire votre bibliothèque, qui ressemblera à ceci:

Pour gérer au mieux les dizaines, centaines ou milliers de références dont vous pouvez disposer, il est commode de créer des groupes, voire des groupes intelligents. C’est bien entendu de la même veine que ce qui se fait dans iTunes ou dans iPhoto.

Sur la partie supérieure droite de l’écran, vous avez également la possibilité d’effectuer une recherche. C’est ici qu'on trouve un gros point faible de EndNote: le logiciel est incapable de rechercher un mot au sein des fichiers pdf liés, il ne connaît que le contenu du fichier «.enl». Ce qui, pour moi, est tout bonnement anachronique au vu des possibilités techniques actuelles. Nous en reparlerons plus tard lorsque je vous présenterai le logiciel Papers. Un peu de patience.

Nous venons donc de voir que EndNote permettait de gérer une collection de références. EndNote permet également d’automatiser la citation de ces références dans un texte.
Revenons à notre premier article, celui dont j’avais stocké le pdf dans mon «Projet 1».
On peut le citer de plusieurs manières dans le texte:

• (Khan, 2009)
• (Khan et al.)
• (1)
• ¹
• ...

On peut le référencer de plusieurs manières:

• Au niveau du rappel de la citation
  • (1)
  • 1
  • 1.
  • ...
• Au niveau des auteurs
  • Mujeeb Khan, Volker Enkelmann and Gunther Brunklaus
  • Khan, M.; Enkelmann, V.; Brunklaus, G.;
  • M. Khan et al.
  • ...
• Au niveau de la référence du journal
  • The Journal of Organic Chemistry 2009, 74, 2261-2270.
  • The Journal of Organic Chemistry 74, 2261-2270 (2009)
  • ...

Chaque périodique a son propre format pour donner la référence.
Si je veux écrire un article dans le «Journal of Organic Chemistry», un format propre à ce périodique doit être appliqué. Dans un autre journal, on demande un autre format.

Ce n’est pas très compliqué de formater à la main une ou deux références, mais cela peut devenir fastidieux quand vous écrivez un texte dans lequel se trouvent quelques dizaines, voire quelques centaines de références. C’est là qu'un logiciel comme EndNote devient presque indispensable.
Pour comprendre la situation, allez faire un tour de ce côté: Applications > EndNote X2 > Styles. Ce dossier ne contient pas moins de 3671 fichiers «.ens» («EndNote Styles») qui vont donc servir à formater différemment la citation et la référence à insérer dans mon texte.

Je retourne dans EndNote et via Edit > Output Styles > Open Style Manager, je sélectionne le style du journal «J Org Chem» dans lequel je veux écrire un article.

La référence formatée est visible dans la partie inférieure de l’écran EndNote:

Maintentant, je sélectionne ma référence, qui apparaît formatée dans la partie inférieure de EndNote:

Un contrôle-clic sur la référence, et je peux sélectionner l’option «Copy Formatted». Il me suffit après de venir à mon texte et d’y coller cette référence formatée:
    (1)    Khan, M.; Enkelmann, V.; Brunklaus, G. The Journal of Organic Chemistry 2009, 74, 2261-2270.

Encore une fois, cette opération simple peut devenir fastidieuse si vous devez mentionner un grand nombre de références.

Pour terminer, la cerise sur le gâteau, qui porte un nom: «CWYW», «Cite While You Write», que je traduis librement par «Référencement à la volée». C’est en fait un plug-in, développé tant pour Word que pour Pages. Il suffit d'installer le plugin correspondant.
Je vous l’explique pour Pages 09, qui effectue magnifiquement l'intégration avec EndNote. Il suffit d’avoir une bibliothèque ouverte dans EndNote au moment où vous travaillez sur Pages. Voyez la simplicité: après avoir choisi le format de la référence (menu Edition > Citations EndNote... > Gérer les citations... > Format de la bibliographie...) je vais dans le menu Insertion > Citation EndNote:

Après avoir introduit un critère de recherche (nom d’auteur par exemple), la référence apparaît et il n’y a plus qu’à l’insérer:

Une fois insérée, cette référence apparaît dans la bibliographie à la fin du document.

Concernant le prix de EndNote, je constate que la situation est plutôt confuse. Dans l’ordre croissant, voici quelques prix relevés:

Pays	Prix Normal	Prix éducation
USA amazon.com	195 $	105 $
Belgique researchsoftware.nl	227,23 €	105,41 €
Suisse scientific-solutions.ch	379 CHF	179 CHF
France ritme.com	300 €	179 €

Au-delà du prix élevé, même pour les versions «étudiants», on peut encore une fois regretter cette disparité, même au sein de l'Europe! Je ne sais pas vous, moi, j’y sens toujours une odeur d’arnaque. Et ils n'ont même pas l'excuse des frais de traduction, EndNote n'existe qu'en anglais!

Pour récapituler, nous avons vu la facilité avec laquelle des références pouvaient être introduites dans EndNote. Un fichier de type pdf peut être lié à chaque référence. Le logiciel facilite la gestion de ces références, ce qui est particulièrement bienvenu lorsqu’elles sont nombreuses.

Ensuite, les références formatées peuvent être introduites dans n’importe quel traitement de texte à partir de EndNote lui-même via la fonction «Copy Formatted».

Enfin, cette opération peut même se faire directement depuis le traitement de texte, grâce à la fonctionnalité «CWYW», «Cite While You Write» et ce, à condition que le plugin correspondant soit disponible, ce qui est le cas pour Pages et pour Word.

Dans les regrets, le fait que le logiciel ne soit pas capable d’effectuer une recherche au sein même des documents pdf. Pour une prochaine version, une interface un peu plus recherchée serait également la bienvenue. Mais il est vrai que EndNote est un logiciel issu du monde PC, on ne doit peut-être pas se plaindre trop.

Dans un prochain article, je vous présenterai Papers et Zotero, deux logiciels alternatifs à EndNote.